Migren botoksu, kronik migren tanısı olan uygun hastalarda baş ağrısı sıklığını ve migrene bağlı yaşam kalitesi etkilenimini azaltmaya yönelik planlanan botulinum toksin uygulamasıdır. Bu işlem estetik botokstan farklı bir protokolle uygulanır ve her baş ağrısı tipi için uygun değildir. Uygulama kararı, baş ağrısının tipi, sıklığı, eşlik eden bulgular ve önceki tedavi öyküsü değerlendirilerek verilmelidir.